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良太开船去找男孩失踪的哥哥，遇到暴风雨漂流岛一座岛上，在那岛上发现了龙虾怪兽伊比拉，还有在岛上进行一项不为人知计划的神秘组织红竹，正巧碰到一位女原住民，通过她的帮助下四人潜入红竹的基地，竟发现哥斯拉在岛上的洞穴中休眠…….
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小高源吾是个喜爱怪兽的漫画家，但是自己所创作的怪兽往往不被自己的上司所欣赏，某天一个怪兽游乐园的人看中了他的作品于是雇用了小高，起初小高还很高兴的接下了这项工作，但是在过程当中却不断的发生奇怪的事情，也因此使得在怪兽岛的哥吉拉派遣安基拉斯来到日本，结果小高发现这居然是一场阴谋，而且这个阴谋正是以哥吉拉跟地球为目标....…
