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突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战…
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21世纪初的日本，原因不明的地壳变动使以横滨为中心，半径30公里的区域突然隆起，它从此以后被称为“Lost Ground”。由于日本政府在此地实行的街道复兴计划，使这个地方成为特殊的二层社会，这里的人被划分为住在复兴地区的“inner”和住在崩坏地区的“outer”，而不久之后在Lost Ground出生的人开始拥有一种叫“Alter”的超能力，他们以这…
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拥有多个灵魂的人，便可获得分解之力，感受到这个世界的实质，理解、掌握并且改变规则，为所欲为，他们被称作为“分解者”。2014年12月17日，13个在各自领域最强的“分解者”将他们的能力结合，分解重组了整个世界，这一年被称作“大变革纪元”元年。那一天整个世界被彻底改造，从社会规则到物理规则，分解者的存在也被暴露到普通人的视野中。面…
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拥有多个灵魂的人，便可获得分解之力，感受到这个世界的实质，理解、掌握并且改变规则，为所欲为，连整个世界都被他们分解。“他”本该是其中之一，却选择了对抗，以最强分解者为目标，试图让世界回归原状，只为有机会能与所爱之人再次相拥。
