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某一晚，野原一家同时梦见了古装剧里才会出现的“古代美女”，虽然全家人都觉得很不可思议，却也没有深入追究。当天下午小新从幼稚园回来时，看到小白正在庭院里拼命挖洞，而当小新也跟着开始挖掘后，竟然挖出了一个箱子，里面放有小新亲笔写的书函，除了写有天正2年的字眼外，还画有肥嘟嘟左卫门的图案。小新由于摸不著头绪而闭上眼睛思考，却… -
突然出现在野原家面前的时间和空间调查员,说时空发生了扭曲，不应存在的怪兽从怪兽的世界进入了现实世界而且怪兽将会在3分钟后出现！如果3分钟后未来的怪兽不能被打倒,怪兽就会出现在现实！为了拯救世界灭亡，野原一家担任了地球防卫这个重大使命。但是，连续不断强大的怪兽从后边开始出现，渐渐现实世界变得危险…
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某日，小新未来的新娘多美子从20XX年的未来都市“Neo Tokio”来到小新的面前。多美子告诉小新，未来的他被“Neo Tokio”的支配者也就是多美子的父亲金有增藏给绑架了，需要只有5岁的小新帮忙解救。于是小新决定和多美子乘坐时光机去未来都市。 到达未来的他们立刻开始寻找已经成年的小新，可是却遭到了金有增藏派出的刺客袭击。小新能否成功…
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小新和妈妈一起逛百货公司，他缠着妈妈买了假面英雄最新出品的玩具宝剑。回家之后，发生了怪事，宝剑竟然变成了普通的竹棒。从幼儿园回家的路上，小新遇到了一只和小白长得一模一样的狗狗，唯一的不同在于它是黑色的。小新给它取名为小黑，把它带回了家，并成功地说服了爸爸妈妈，让小黑留在了家里。正当野原一家过着平静的日子的时候，通向黑暗…
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小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的笑话。小新的妈妈是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 收起
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小新在河边无意间捡到一颗弹珠，看它很闪亮于是就捡回家里。没想到却被小葵吞进肚子里。这下糟了，原来这颗弹珠是珠由良族与珠黄泉族在争夺的魔人贾克的珠珠，珠黄泉族的首领玉王想要利用贾克的魔力征服世界。就这样，小新一家人卷入两族人的争夺战中，小葵被玉王绑架走了，大家为了保护小葵，费尽心力…最后平安的救出小葵，小新却在无意间，将…
